Целите към които се придържа ОУ Стою Шишков, град Смолян са:

• - Утвърждаване на училището като привлекателен образователно възпитателен, културен, спортен и информационен център на местната общност.

• - Осигуряване на знания и личностни умения у учащите се чрез квалифицирани учители с педагогически дарби и стремеж към иновации.

• - Грижа и внимание към всеки ученик, зачитане на човешкото достойнство, творчески подход за утвърждаване на младия човек като гражданин на България и света.

• - Ред и сигурност, противодействие срещу проявите на агресивност и насилие.